Die indischen Handschriften stellen mit über 870 Stücken die zahlenmäßig größte Gruppe innerhalb der orientalischen Handschriften dar. Die ersten 11 Exemplare wurden 1838 von Missionar Johannes Häberlin aus Tuttlingen der Bibliothek geschenkt und von Heinrich Ewald in einem ersten Katalog beschrieben.

Bei Erscheinen des nächsten Handschriftenkatalogs im Jahr 1865, der nur noch die indischen Handschriften umfasst, sind diese schon auf 277 Stück angewachsen. Sie wurden von Rudolf Roth (1821-1895), Professor für indische Sprachen und Oberbibliothekar unserer Bibliothek, in aller Kürze beschrieben. Nach 1865 erwarb Roth bis zu seinem Tod 1895 weitere etwa 200 Handschriften, die zusammen mit solchen, die aus seinem privaten Besitz der Bibliothek vermacht wurden, im 1899 erschienen Katalog von Richard Garbe beschrieben wurden.

Von den Schenkungen und Erwerbungen im 20. Jahrhundert seien erwähnt: Die so genannte „Hoernle-Sammlung“ mit 80 überwiegend Prakrit-Handschriften, die 1905 vom Esslinger Fabrikanten Otto Bayer der Bibliothek geschenkt wurde. Eine Sammlung von Palmblatthandschriften aus Orissa, die um 1978 an die Bibliothek kam, sowie die Malayalam- und Kannaḍa-Handschriften aus dem Nachlass von Hermann Gundert, die 1986 erstmals gesichtet und intern bestimmt werden konnten.

Alle indischen Handschriften sind im internen handschriftlichen Inventar verzeichnet.